Navicat使用原生数据库连接性，这意味着它直接通过数据库系统的原生协议与数据库进行通信，没有中间件或转换层，从而实现了优化和高效的连接。相比之下，Java程序可能需要通过JDBC（Java Database Connectivity）等接口与数据库进行通信，这可能会引入一些额外的开销，例如网络延迟、序列化/反序列化等。

Navicat可能针对常见的数据库操作进行了性能优化，使得操作更加高效。Java程序可能没有针对特定的数据库操作进行专门的优化，或者可能使用了不太高效的数据库访问方式。

如果Java程序与数据库服务器不在同一台机器上，那么网络延迟可能会成为性能瓶颈。Navicat可能在本地或通过网络连接运行，但通常网络延迟对Navicat的影响较小，因为它通常执行的是少量的、交互式的查询。

Java程序中的数据库操作代码质量可能会影响性能。例如，不恰当的SQL语句、过多的数据库连接和关闭操作、不恰当的异常处理等都可能导致性能下降。

Java程序可能需要消耗更多的系统资源（如CPU、内存）来执行数据库操作，这可能会导致性能下降。Navicat是一个独立的应用程序，其资源使用通常更加高效。

Java程序可能需要处理并发数据库连接和查询，这可能会引入额外的复杂性和开销。Navicat通常用于交互式操作，不需要处理大量的并发连接。

Navicat可能利用数据库的缓存和索引功能来加速查询性能。Java程序可能需要显式地配置和管理这些功能。

其他因素，如Java程序的配置、数据库的配置和版本、操作系统的配置等，也可能对性能产生影响。

为了优化Java程序中的数据库性能，你可以考虑以下措施：

• 使用连接池来管理数据库连接，以减少连接和关闭的开销。
• 优化SQL语句，避免不必要的查询和复杂的联接操作。
• 合理使用缓存和索引功能。
• 调整Java程序和数据库的配置参数，以提高性能。
• 分析程序的性能瓶颈，并尝试使用更高效的算法和数据结构。