1、停止原有版本
docker stop portainer

2、删除
docker rm portainer
docker rmi portainer/portainer-ce

3、安装新版本
docker run -d -p 8000:8000 -p 9000:9000 --name=portainer --restart=always -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock -v portainer_data:/data portainer/portainer-ce

4、agent更新
docker stop portainer_agent
docker rm portainer_agent
docker rmi portainer/agent
docker run -d -p 9001:9001 --name portainer_agent --restart=always -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock -v /var/lib/docker/volumes:/var/lib/docker/volumes portainer/agent:latest

参考资料：
https://docs.portainer.io/start/upgrade/docker